Il Sistema CO.CLI.TE si basa sul concetto della dislessia come un disturbo delle prassie, con particolare riferimento alle funzioni e procedure sequenziali, alla fluidità delle funzioni esecutive con interessamento dell’organizzazione spazio-temporale e della dominanza laterale.
I bambini con dislessia soffrono lo scorrimento percettivo nello spazio, cioè da sinistra a destra, e/o nel tempo. Questa disorganizzazione viene riconosciuta nelle difficoltà nell’apprendimento, soprattutto per quanto riguarda le abilità scolastiche di base.

Si tratta di un approccio ecologico, che considera l'individuo in tutte le funzioni della personalità e dei diversi contesti di vita. È un intervento di tipo pedagogico, quindi si caratterizza come un trattamento educativo, un aiuto allo sviluppo delle funzioni disturbate.

Il trattamento si focalizza sul miglioramento delle capacità globali del bambino, in favore dell’esercizio delle funzioni coinvolte nei compiti di lettura, scrittura e calcolo. La valutazione funzionale precede sempre il trattamento abilitativo.

Il trattamento non condivide l'utilizzo di strumenti che sostituiscono le capacità del bambino e privano il soggetto del necessario esercizio funzionale. In questo modo il metodo sollecita, monitora e spinge alla fluidità sia nelle capacità di base, sia nelle capacità culturali primarie.

Si tratta di un intervento abilitativo e non riabilitativo, in quanto il bambino non ha perso nessuna abilità e ha bisogno di un trattamento che lo aiuta a potenziare le abilità apprese. Il metodo utilizza l’attivazione neurofisiologica per arrivare ad un maggior livello di fluidità: l'attivazione simultanea di varie funzioni risulta in una riorganizzazione dei flussi corticali interemisferici che porta ad un aumento della fluidità esecutiva. Invece l’inattività, che può essere la conseguenza dell'utilizzo di misure compensative, è motivo di deperimento e progressiva disfunzione.